医師として独立し、自身のクリニックを開業することは、多くのドクターにとってキャリアの集大成であり、地域医療への貢献という大きな志を実現する場でもあります。しかし、いざ開業してみると、日々の診療業務の忙しさに加え、スタッフのマネジメント、資金繰り、そして複雑な税務会計業務に追われ、本来注力すべき医療行為に十分な時間を割けないという悩みを抱える院長先生は少なくありません。
医療機関の経営は、一般的な株式会社や個人商店とは異なる独特な商慣習や法規制、税制が存在します。そのため、一般的な税理士では対応しきれないケースや、本来得られるはずの節税メリットを享受できていないケースも散見されます。そこで注目されているのが、「クリニック専門」あるいは「医療業界に特化した」税理士の存在です。
本記事では、クリニック経営において避けて通れない税金周りの課題から、専門税理士を活用する具体的なメリット、選び方に至るまで、院長先生が経営のパートナーを選ぶ際に知っておくべき情報を網羅的に解説します。経営の安定化と医療の質向上のために、ぜひお役立てください。
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クリニック専門の税理士へ依頼するメリット
クリニックの税金周りの課題
クリニックの経営において、税務や会計は避けて通れない重要な業務ですが、そこには医療機関特有の複雑さと難しさが存在します。一般的な企業会計の知識だけでは対応しきれない「落とし穴」が多く、これらが院長先生の頭を悩ませる主な要因となっています。まずは、クリニックが直面する税金周りの主要な課題について掘り下げていきます。
医業収益の区分と消費税の複雑性
クリニックの会計において最も特徴的であり、かつ誤りやすいのが収入の区分です。クリニックの収入は大きく分けて、社会保険診療報酬と自由診療収入の二つに分類されます。社会保険診療報酬は、国民の健康を守るという社会政策的な配慮から、消費税が非課税とされています。一方で、美容医療やインプラント、予防接種などの自由診療収入は、消費税の課税対象となります。
この「非課税売上」と「課税売上」が混在している状態が、経理処理を非常に複雑にします。なぜなら、クリニックが仕入れや経費の支払いで支払った消費税のうち、どれだけを控除（仕入税額控除）できるかの計算が非常に難解になるからです。課税売上割合の計算や、特定収入の取り扱いなど、専門的な知識がないと正確な納税額を算出することが難しく、税務調査でも頻繁に指摘されるポイントとなっています。
概算経費率の特例（措置法26条）の判断
小規模なクリニックにとって重要な税制優遇措置の一つに、租税特別措置法第26条があります。これは、社会保険診療報酬が年間5,000万円以下などの条件を満たす場合、実際の経費ではなく、法律で定められた概算経費率を用いて所得を計算できるという特例です。
この制度を利用することで、実際の経費が少ない場合でも高い経費率を適用でき、大幅な節税につながる可能性があります。しかし、実際の経費が概算経費率を上回っている場合には、実額計算（通常の計算方法）を選択した方が有利になることもあります。どちらを選択すべきかは、その年の経営数値だけでなく、将来的な設備投資計画なども踏まえて慎重にシミュレーションを行う必要がありますが、この判断は専門家でないと極めて困難です。
医療法人化のタイミングと手続き
経営が順調に進み、利益（所得）が増えてくると、所得税の負担が重くのしかかってきます。日本の所得税は累進課税制度をとっており、所得が高くなればなるほど税率が上がり、最大で住民税と合わせて55％もの税金を納めることになります。そこで検討されるのが「医療法人化」です。
医療法人化することで、給与所得控除の活用や、家族を役員にすることによる所得分散、退職金の活用など、様々な節税策が可能になります。しかし、医療法人は設立認可の手続きが非常に煩雑であり、都道府県知事の認可が必要です。また、一度法人化すると社会保険の強制適用事業所となり、社会保険料の負担が増えるというデメリットも存在します。法人化すべきか否か、またその最適なタイミングはいつなのかという判断は、税務と労務、そして個人のライフプランを総合的に勘案する必要があるため、院長先生一人で決断するのは大きなリスクを伴います。
高額な設備投資と減価償却
医療機器は非常に高額なものが多く、CTやMRI、レーザー機器などを導入する際には数千万円単位の投資が必要となることも珍しくありません。これらの設備投資は、購入した年に全額を経費として計上できるわけではなく、耐用年数に応じて数年にわたり減価償却費として計上していくことになります。
この減価償却の計算方法や、中小企業投資促進税制などの税制優遇措置を適用できるかどうかの判断は、キャッシュフローに直結する重要な問題です。資金繰りを圧迫せずに必要な設備を導入し、かつ最大限の節税効果を得るためには、長期的な視点に立った財務計画が不可欠です。
独特な交際費や経費の考え方
医師会への会費や、同業者との付き合い、スタッフへの慰労など、クリニック運営には様々な支出が伴います。これらが税務上の「交際費」に該当するのか、それとも「会議費」や「福利厚生費」として処理できるのかは、税務調査において厳しくチェックされる項目です。医療業界の慣習を踏まえつつ、税法の範囲内で適切に処理しなければ、後から否認され追徴課税を受けるリスクがあります。
クリニック専門税理士の特徴
前述のような複雑な課題に対応するために存在するのが、クリニックや医療機関を専門、あるいは得意とする税理士です。一般的な税理士と彼らにはどのような違いがあるのでしょうか。ここでは、クリニック専門税理士が持つ特有の資質や能力について解説します。
診療報酬の仕組みとサイクルの把握
医療機関の収入の柱である診療報酬（レセプト債権）は、請求から入金までに約2ヶ月のタイムラグがあります。また、社会保険支払い基金や国保連合会からの入金明細は複雑で、返戻や査定による減額が発生することもあります。
専門税理士は、この独特な入金サイクル（キャッシュフロー）を正確に理解しています。そのため、「帳簿上の売上は立っているのに現金がない」といった黒字倒産のリスクを未然に防ぐための資金繰り指導を行うことができます。また、診療報酬点数の改定情報にも敏感であり、それが経営に与えるインパクトをいち早く予測し、対策を講じることが可能です。
業界平均値（ベンチマーク）の保有
多くのクリニックを顧問先に持つ専門税理士は、診療科目ごとの売上高、経費率、人件費率、患者数などの豊富なデータベースを持っています。「自分のクリニックの利益率は適正なのか」「材料費がかかりすぎていないか」「スタッフの給与水準は地域相場と比べてどうか」といった院長先生の疑問に対し、客観的な業界平均値や同規模の優良クリニックのデータと比較しながら回答することができます。この比較データは、経営改善の目標設定において非常に強力な武器となります。
医療業界特有のネットワーク
専門税理士は、医療経営に関わる他の専門家や業者との広範なネットワークを持っています。例えば、医療訴訟に強い弁護士、医療専門の社会保険労務士、医療機器ディーラー、医薬品卸、医療コンサルタント、銀行の医療融資担当者などです。
クリニック経営においては、税務以外にも労務トラブルや設備投資、物件探しなど様々な問題が発生します。専門税理士はこれらの問題に対して、自らが窓口となり適切な専門家を紹介したり、連携して解決に当たったりするハブとしての機能を果たします。
クリニック専門税理士が提供するサービス
クリニック専門税理士は、一般的な税務顧問契約の範囲を超えて、医療経営に特化した多様なサービスを提供しています。ここでは、具体的にどのようなサポートが受けられるのかを見ていきます。
月次決算と経営分析レポート
単に試算表を作成して渡すだけでなく、院長先生にも分かりやすい独自の経営分析レポートを提供するのが一般的です。このレポートには、前年同月比や予算対比だけでなく、診療単価の推移、新患数と再来患数の分析、レセプト枚数の推移などがグラフ化されて記載されています。
専門税理士は、これらの数字から「患者数が減っている原因はリコール率の低下にあるのではないか」「自費診療の比率を上げるための施策が必要ではないか」といった経営上の課題を読み取り、毎月の面談で具体的な改善提案を行います。
資金繰り管理と融資サポート
開業時や医療機器の入れ替え、リフォーム、分院展開など、クリニック経営には多額の資金が必要となる場面が多々あります。専門税理士は、キャッシュフロー計算書を作成し、将来の資金残高を予測することで、資金ショートの不安を解消します。
また、金融機関からの融資が必要な場合には、医療機関向けの融資制度に精通しているため、審査に通りやすい事業計画書の作成支援や、銀行担当者との交渉代行を行います。特に独立行政法人福祉医療機構（WAM）などの公的融資の活用提案は、専門家ならではのサービスです。
医療法人設立と運営支援
個人開業から医療法人化する際のシミュレーションから、都道府県への認可申請手続き、設立登記、保健所や厚生局への届出までをワンストップで支援します。医療法人の設立申請書は非常にボリュームがあり、記載内容も専門的であるため、院長先生が自分で行うのは困難です。
設立後も、毎年の事業報告書等の届出（決算届）や、役員変更届、定款変更の認可申請など、医療法に基づいた煩雑な行政手続きを代行し、法人が適正に運営されるよう管理します。
MS法人（メディカルサービス法人）の活用提案
節税や資産形成の高度な手法として、MS法人（メディカルサービス法人）の設立・活用を提案することもあります。MS法人とは、医療行為以外の業務（不動産賃貸、医療機器リース、事務代行など）を担う営利法人のことです。
医療法人とMS法人を適切に使い分けることで、所得の分散や消費税の節税、親族への給与支払いなど、より柔軟な経営戦略が可能になります。ただし、実体のないMS法人は税務否認のリスクが高いため、専門税理士による適法かつ合理的なスキーム構築が不可欠です。
税務調査対策
現金商売の側面があり、高所得者が多い医師は、税務署から厳しく見られがちな業種です。専門税理士は、医療機関に対する税務調査で調査官がどこを見るか、どのような指摘をしてくるかという傾向と対策を熟知しています。
日頃の記帳段階から、自費診療収入の計上漏れがないか、交際費の使途は明確か、在庫の棚卸しは正確かなどをチェックし、調査が入っても動じない体制を整えます。実際の調査時には立会いを行い、院長先生に代わって税務署と折衝し、不当な課税がなされないよう守ります。
クリニック専門税理士へ依頼するメリット
専門税理士に依頼することは、一般的な税理士に依頼する場合と比較してコストが割高になるケースもありますが、それを補って余りある大きなメリットがあります。
本業である診療に専念できる時間の創出
院長先生にとって最も価値のある資源は「時間」です。複雑な経理処理や税務の勉強に時間を費やすことは、本来収益を生み出すはずの診療時間を削ることになります。また、慣れない事務作業による精神的なストレスは、診療の質にも悪影響を及ぼしかねません。
専門税理士に税務会計業務を丸投げし、経営の舵取りをサポートしてもらうことで、院長先生は安心して患者様と向き合い、診療技術の向上やスタッフ教育に専念することができます。結果として、それが患者満足度の向上やクリニックの評判アップにつながり、長期的な収益増加をもたらします。
無駄な税金の流出を防ぐ最適な節税
医療税制を熟知した専門家のアドバイスにより、合法的な範囲で最大限の節税が可能になります。概算経費率の特例の判定、設備投資減税の活用、適切な役員報酬の設定、社宅制度の導入、倒産防止共済や小規模企業共済への加入など、打てる手は数多くあります。
一般的な税理士では見落としてしまうような細かな規定や特例も、専門税理士であれば漏らさず適用を検討してくれます。年間で数十万円から数百万円の税額差が出ることも珍しくなく、顧問料以上のキャッシュバック効果が期待できます。
経営の「健康状態」を客観的に把握できる
院長先生は日々忙しく、自院の経営状態を客観的に見ることが難しくなりがちです。「なんとなく忙しいから儲かっているだろう」「通帳にお金があるから大丈夫だろう」といった感覚的な経営は、環境変化が起きた際に脆さを露呈します。
専門税理士は、数字という客観的な事実に基づいてクリニックの「健康状態」を診断します。異常値があれば早期に警告を発し、手遅れになる前に対策を促します。経営の羅針盤を持つことで、迷いなく事業を進めることができるようになります。
リスクマネジメントの強化
税務リスクだけでなく、労務トラブルや医療事故、院長の健康問題など、クリニック経営には様々なリスクが潜んでいます。専門税理士は、多くのクリニックの事例を見ているため、起こりうるトラブルを予見し、事前の対策を提案することができます。就業規則の整備や賠償責任保険への加入、事業承継対策などを通じて、クリニックの守りを固めることができます。
クリニック専門税理士の費用相場
専門的なサービスを提供する分、気になるのはその費用です。税理士の報酬は自由化されており、事務所によって料金体系は異なりますが、ある程度の相場感を知っておくことは重要です。
個人開業医の場合
個人クリニックの場合、月額顧問料の相場は3万円から5万円程度です。これに加え、年に一度の確定申告料として月額顧問料の4ヶ月分から6ヶ月分程度がかかります。年間トータルでは、50万円から100万円程度が一般的です。記帳代行（領収書の整理や入力をすべて任せること）を依頼する場合は、別途月額1万円から3万円程度が加算されることが多いです。
医療法人の場合
医療法人の場合、会計処理や税務申告が複雑になるため、費用は高くなります。月額顧問料の相場は5万円から10万円程度、決算申告料は月額の5ヶ月分から7ヶ月分程度です。年間トータルでは、80万円から150万円程度が目安となります。消費税の申告が必要な場合や、分院がある場合、従業員数が数十名規模になる場合は、さらに加算されます。
スポット業務の費用
顧問契約以外に発生するスポット業務の費用相場は以下の通りです。
- 医療法人設立認可申請：50万円〜100万円
- 税務調査立会い：1日あたり3万円〜5万円
- 給与計算代行：基本料金＋従業員1人あたり1,000円〜2,000円
- 年末調整：基本料金＋従業員1人あたり2,000円〜5,000円
専門税理士の顧問料は一般的な税理士より1〜2割程度高めに設定されていることがありますが、節税効果や経営アドバイスによる増収効果を考えれば、十分に元が取れる投資と言えます。逆に、極端に安い顧問料の事務所は、医療特有の処理に対応していなかったり、訪問頻度が少なかったりする場合があるため注意が必要です。
クリニック専門税理士の探し方
では、実際に優秀なクリニック専門税理士をどのように探せばよいのでしょうか。いくつかの有効なルートがあります。
知り合いの医師からの紹介
最も信頼性が高いのは、すでに開業していて経営がうまくいっている先輩や同僚の医師からの紹介です。「対応が早い」「医療に詳しい」「親身になってくれる」といった実際の評判を聞くことができるため、ミスマッチのリスクが低くなります。ただし、紹介された税理士が自分のクリニックの規模や方針に合うとは限らないため、必ず面談をして相性を確認することが大切です。
医療関係業者からの情報収集
医療機器メーカーや医薬品卸の担当者（MS）、内装業者などは、日常的に多くのクリニックに出入りしており、院長先生とも情報交換をしています。彼らは「どの税理士事務所が評判が良いか」「どの先生が経営に熱心か」といった現場の情報を持っています。信頼できる営業担当者に「医療に強い税理士を知りませんか？」と尋ねてみるのも良い方法です。
インターネット検索とホームページの確認
「地域名＋クリニック＋税理士」「医療法人＋税理士」などのキーワードで検索し、専門特化している事務所を探す方法です。ホームページを見る際は、以下のポイントをチェックしてください。
- 「医療経営」「クリニック開業」などの専門コンテンツが充実しているか
- 代表者のプロフィールに医療業界への関与実績があるか
- 「お客様の声」や「解決事例」にクリニックの事例が多く掲載されているか
- 料金体系が明示されているか
税理士紹介会社の利用
自分で探す時間がない場合は、税理士紹介会社を利用するのも手です。ただし、一般的な紹介会社ではなく、医療業界に特化した紹介会社や、医療コンサルティング会社が運営する紹介サービスを選ぶことをお勧めします。希望する条件（年齢、地域、費用、サービス内容など）を伝えれば、それに合致する専門税理士をピックアップしてくれます。
クリニック専門税理士探しでよくある質問の例と回答
ここでは、税理士探しにおいて院長先生からよく寄せられる質問とその回答をまとめました。
Q1. 開業前から相談に乗ってもらえますか？
A. はい、もちろんです。むしろ開業前から相談することをお勧めします。開業場所の選定、事業計画書の作成、融資の申し込み、医療機器の選定など、開業準備段階で税理士がサポートできることは山ほどあります。開業前から関わることで、スムーズな立ち上げと初期からの節税対策が可能になります。
Q2. 今の税理士を変えたいのですが、タイミングはいつが良いですか？
A. 税理士変更（税理士の切り替え）はいつでも可能ですが、最もスムーズなのは「決算終了後（確定申告後）」です。一区切りついた段階で新しい税理士に引き継ぐことで、データの移行や業務の分担が明確になります。ただし、今の税理士に不満や不信感がある場合は、決算を待たずに期中で変更することも可能です。その際は、会計データの引き継ぎを確実に行う必要があります。
Q3. 遠方の税理士でも大丈夫ですか？
A. 現在はZoomなどのオンライン会議システムやクラウド会計ソフトが普及しており、遠方の税理士とも問題なく顧問契約を結ぶことが可能です。物理的な距離よりも、医療に対する専門知識や相性を優先すべきです。ただし、年に数回は直接顔を合わせて話したいという希望がある場合は、交通費の負担や訪問頻度について事前に確認しておく必要があります。
Q4. 記帳代行は頼んだ方が良いですか？
A. 院長先生や奥様が経理処理に時間を割ける場合や、簿記の知識がある場合は自計化（自分で入力すること）でも構いません。しかし、診療に集中したい、経理作業がストレスである、正確性に不安があるといった場合は、記帳代行を依頼することをお勧めします。コストはかかりますが、その分の時間を診療や経営に充てることで、結果的にプラスになることが多いです。
Q5. 税務調査が不安です。専門税理士なら防げますか？
A. 税務調査そのものを100％防ぐことはできませんが、専門税理士が関与し、書面添付制度（申告書の正確性を税理士が保証する書類を添付する制度）を利用することで、調査の省略や、調査が入ったとしてもスムーズに終了する確率を高めることは可能です。何より、日頃から適正な処理を行っているという自信があれば、調査を過度に恐れる必要はなくなります。
まとめ
クリニックの経営環境は年々厳しさを増しており、単に良い治療を提供するだけでは生き残ることが難しい時代になっています。経営の舵取りを誤らないためには、正確な財務情報の把握と、医療業界の特性を踏まえた戦略的な意思決定が不可欠です。
そのための最強のパートナーとなるのが、クリニック専門の税理士です。彼らは単なる計算屋ではなく、医療法務、診療報酬、医療経営全般に精通したコンサルタントとしての役割を果たします。
- 医療特有の税務リスクを回避し、適正な納税と最大限の節税を実現する
- 経営分析に基づいた改善提案により、収益力を強化する
- 医療法人化や事業承継など、重要な経営判断をサポートする
- 院長先生を雑務から解放し、診療に専念できる環境を作る
これらのメリットは、多少の顧問料の差額を補って余りある価値があります。税理士選びは、クリニックの未来を決める重要な投資です。ぜひ、信頼できる専門家を見つけ、二人三脚で理想のクリニック経営を実現してください。
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この記事の作成者
宮嶋 直 公認会計士/税理士
京都大学理学部卒業後、大手会計事務所であるあずさ監査法人（KPMGジャパン）に入所。その後、外資系経営コンサルティング会社であるアクセンチュア、大手デジタルマーケティング会社であるオプトの経営企画管掌執行役員兼CFOを経験し、現在に至る。