地域医療の要として、日々患者様の健康と生命を守るクリニック。院長先生におかれましては、日々の診療業務、スタッフのマネジメント、そして最新医療技術の習得と、息つく暇もない激務をこなされていることと存じます。しかし、一人の経営者としてクリニックを運営していく以上、避けては通れないのが「税金」と「確定申告」の問題です。 医療機関の会計は、一般的な営利企業とは異なり、社会保険診療報酬支払基金からの入金管理や、消費税における非課税売上の取り扱い、さらには医師優遇税制（措置法26条）の適用判断など、極めて専門的かつ複雑な要素を含んでいます。 これらの処理を誤ることは、単に追徴課税を受けるリスクだけでなく、金融機関からの信用低下や、最悪の場合は医療法人化の認可に影響を及ぼす可能性すらあります。 この記事では、クリニック（個人開業医）が直面する確定申告の義務、医療特有の税務のポイント、そして先生方の貴重な時間を守るための税理士との連携について、最新の税制動向を踏まえて徹底的に解説していきます。

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クリニックは確定申告必要か？確定申告のポイントなど徹底解説

クリニックは確定申告が必要か？

クリニックを開業し、診療による収入を得ている場合、原則として確定申告が必要となります。しかし、その義務の有無や申告の種類は、経営形態（個人開業か医療法人か）や、所得の種類によって異なります。まず理解すべき大原則は、申告の要否を判断するのは「窓口収入や基金からの入金総額（売上）」ではなく、そこから医薬品費や人件費、家賃などの必要経費を差し引いた「所得（利益）」であるという点です。

個人開業のクリニック院長の場合

医療法人化しておらず、個人事業主としてクリニックを経営している院長先生の場合、1月1日から12月31日までの1年間の「事業所得」が、国が定める「基礎控除額」を超えた場合に確定申告が必要となります。

基礎控除額とは、すべての人に適用される「税金がかからない枠」のことです。この金額は近年の税制改正により、個人の合計所得金額に応じて控除額が変動する仕組みとなっており、所得が非常に高い層では控除が減額、あるいは消滅する場合もあります。また、税制改正のタイミングで基準額そのものが引き上げられるなどの変更も行われています。 重要なのは、クリニックの事業による所得（社会保険診療報酬＋自由診療収入＋雑収入－必要経費）が、その年において先生ご自身に適用される「基礎控除額」を上回っているかどうかです。

クリニック経営は、高額な医療機器の導入やスタッフの人件費、医薬品の仕入れなどで多額の経費が発生しますが、同時に売上規模も大きくなりやすいため、実質的には開業して診療を行っている限り、ほぼ全てのケースで確定申告が必要になると考えて間違いありません。また、赤字の場合であっても、青色申告を行っていれば赤字を翌年以降に繰り越して将来の税金を減らすことができるため、申告を行うメリットは非常に大きいです。

勤務医（アルバイト）として働く場合

ご自身のクリニックを開業せず、他の病院やクリニックで非常勤医師（アルバイト）として勤務している場合、あるいはご自身のクリニックを持ちながら、休診日に他の医療機関で外来や当直を行っている場合は注意が必要です。 給与所得者であっても、主たる給与以外の所得（副業による所得など）の合計が、国が定める一定の基準（一般的に年間20万円といわれますが、最新の規定を確認してください）を超えると確定申告が必要となります。 医師のアルバイト給与は高額になる傾向があるため、たとえ週1回の勤務であっても、この基準を超えるケースがほとんどです。複数の医療機関から給与を得ている場合は、それらを合算して確定申告を行い、税額を精算する義務があります。

住民税の申告に関する注意点

よくある誤解として、「所得税の確定申告が不要なら、何も手続きしなくていい」というものがありますが、これはあくまで国税である「所得税」の話です。お住まいの地域に納める「住民税」には、所得税のような少額不申告の特例はありません。診療活動や原稿執筆、講演などによる所得が少しでも発生していれば、別途、市区町村へ住民税の申告を行う必要があります。これを怠ると、所得証明書が正しく発行されなかったり、後になって自治体から収入の問い合わせが来たりするリスクがあります。

確定申告の提出期限

学会シーズンや花粉症等の繁忙期と重なることも多い時期ですが、税務署への提出には絶対に守らなければならない「期限」が存在します。

原則的な申告期間

所得税の確定申告期間は、原則として毎年2月16日から3月15日までと定められています。対象となるのは、前年の1月1日から12月31日までに発生した所得です。提出期限日が土曜日や日曜日に重なる場合は、その翌月曜日が期限となります。この期間、税務署は非常に混雑するため、診療で多忙な院長先生であれば、クリニックや自宅から24時間いつでも送信できるe-Tax（電子申告）の利用が推奨されます。

納税の期限

申告書の提出期限と、税金を納める期限は原則として同じ日です。つまり、期限日までに申告書を提出し、かつ算出された所得税をその日までに納付する必要があります。多額の現金を持って金融機関に行く時間がない場合は、指定した銀行口座から自動で引き落とされる「振替納税」の手続きをしておくと便利です。振替納税を利用する場合、引き落とし日は通常申告期限から約1ヶ月後に設定されるため、資金繰りに猶予が生まれるというメリットもあります。

消費税の申告期限

クリニック経営において非常に重要なのが消費税です。社会保険診療は「非課税売上」ですが、自由診療（美容医療、予防接種、健康診断など）や物品販売（サプリメント、デンタルケア用品など）は「課税売上」となります。 基準期間の課税売上高が一定額を超えた場合（またはインボイス登録事業者となった場合）は、消費税の確定申告も必要になります。消費税の申告期限は所得税よりも少し遅い3月31日までとなっていますが、計算が所得税よりも複雑（課税売上割合の計算など）になるため、早めの準備が必要です。

クリニックが確定申告を行わない場合のペナルティ

クリニックは、社会保険診療報酬支払基金や国民健康保険団体連合会（国保連）からの入金記録が公的に残るため、税務署にとって収入の把握が容易な業種です。そのため、無申告は高い確率で発覚します。無申告が発覚した場合、本来納めるべき税金に加え、非常に重いペナルティが科されます。

無申告加算税と厳格化

期限内に確定申告をしなかった場合、納めるべき税額に上乗せして「無申告加算税」が課されます。 このペナルティの税率は一律ではなく、納付すべき税額の多寡によって段階的に設定されています。さらに、近年の税制改正により、高額な無申告に対するペナルティが強化されました。一定額を超える税額部分に対しては、より高い税率が適用される仕組みとなっています。 売上規模の大きいクリニックの場合、所得税だけでなく消費税の無申告なども合わせると、この高税率ラインに抵触する可能性は十分にあり、稼いだ利益を一気に失うことになりかねません。

延滞税の仕組み

無申告加算税に加え、法定納期限の翌日から実際に税金を納付するまでの日数に応じて、利息に相当する「延滞税」が発生します。延滞税の割合は年によって変動しますが、納付が遅れれば遅れるほど利率が跳ね上がる仕組みになっています。納期限から一定期間（通常2ヶ月）を経過した後は、さらに高い利率が適用されます。これは一般的な銀行融資の金利を遥かに上回る水準になることもあり、放置すればするほど負担は雪だるま式に増えていきます。

重加算税のリスク

単に申告を忘れていただけでなく、売上を意図的に隠蔽したり（窓口現金の抜き取りなど）、架空の経費を計上したりといった悪質な仮装・隠蔽行為があったと認定された場合は、無申告加算税に代わって「重加算税」が課されます。この税率は行政処分の中でも極めて高い数値に設定されており、税務調査において最も重いペナルティです。 クリニックの場合、自由診療の現金を申告しなかったり、個人的な家族旅行を学会出張と偽って経費計上していたりすると、これに該当する可能性があります。重加算税を課されると、金銭的なダメージだけでなく、社会的信用を失い、以降数年にわたって税務署から厳しいマークを受けることになります。

医師としての信用問題

脱税行為は、医師としての社会的信用を著しく損ないます。悪質な場合、報道されるリスクもあり、地域住民からの信頼を一瞬で失うことになります。また、金融機関からの融資がストップしたり、将来的に医療法人化を申請する際に不利になったりと、クリニック経営の根幹を揺るがす事態に発展しかねません。

クリニックは自分で確定申告を行うことが可能か？

結論から申し上げますと、小規模なクリニックであれば院長先生ご自身で確定申告を行うことは物理的には可能です。しかし、一般企業の経理と比較して、医療機関の経理処理は特殊性が高く、難易度は非常に高いと言わざるを得ません。

医療特有の税務処理

クリニックの経理には、「社会保険診療報酬の入金管理（入金時の源泉徴収がない）」、「窓口収入の管理」、「自由診療収入の管理」、「医薬品在庫の棚卸し」など、独特の業務が発生します。特に消費税の計算においては、収入が「非課税（保険診療）」と「課税（自由診療）」に分かれるだけでなく、仕入れや経費もそれぞれに対応させて計算する必要があり、極めて複雑です。

概算経費の特例（措置法26条）

医師や歯科医師には、社会保険診療報酬が5,000万円以下などの条件を満たす場合、実額の経費計算を行わずに、法定の計算式で求めた概算経費を計上できる「租税特別措置法第26条（概算経費の特例）」という制度があります。この特例を使うべきか、実額計算の方が有利か（有利判定）を毎年シミュレーションする必要があり、専門知識がないと最適な選択ができません。

クリニックが自分で確定申告を行うことメリット

税理士に依頼せず、院長自身または配偶者が経理を行うことにもメリットはあります。

コストを最小限に抑えられる

最大のメリットは、費用の節約です。医療特化の税理士に依頼する場合、月額顧問料や決算料で年間数十万円から百万円以上の費用がかかることが一般的です。開業直後で資金繰りが厳しい時期や、規模が小さく取引数が少ない場合には、自分で申告を行うことで固定費を抑えることができます。

クリニックの経営数値を把握できる

自分で帳簿をつけることで、日々の現金の流れや、医薬品の原価率、人件費の推移などをリアルタイムで把握できるようになります。「どの診療メニューが利益に貢献しているか」「無駄な在庫がないか」といった経営課題に気づくことができ、数字に強い院長になるための訓練になります。

クリニックが自分で確定申告を行うことデメリット

一方で、自分で確定申告を行うことには、メリットを上回る重大なデメリットやリスクが存在します。

診療時間の圧迫（最大のデメリット）

院長先生にとって、時間は最も貴重な医療資源です。診療終了後や休診日に領収書の整理や帳簿入力を行うことは、心身の休息を奪い、診療の質の低下を招く恐れがあります。時給換算すれば、院長先生が経理作業を行うよりも、その時間を診療や医学知識のアップデート、スタッフ教育に充てた方が、クリニック全体の収益性は高まるはずです。

税務ミスのリスクと過大納税

医療税務は複雑であり、専門家でない場合、ミスをするリスクが非常に高いです。例えば、高額な医療機器の減価償却方法（定額法か定率法か）の選択ミスや、消費税の課税・非課税区分の誤りなどです。また、前述の「措置法26条」の適用漏れにより、本来払わなくて済む数百万円単位の税金を余分に払ってしまうケースも散見されます。

税務調査への不安

自分で行った申告内容に自信が持てず、「税務署から連絡が来るのではないか」という不安を抱えながら診療を行うことは、精神衛生上良くありません。

クリニックが自分で確定申告をするための流れ

では、実際にクリニックが自分で確定申告を行う場合、どのような手順を踏むことになるのでしょうか。

ステップ1：環境整備

青色申告（最大65万円控除等）を行うために、「開業届」と「青色申告承認申請書」を税務署に提出します。また、医療機関向けの勘定科目設定ができるクラウド会計ソフトを導入し、事業用の銀行口座とクレジットカードを紐付けます。

ステップ2：日々の取引の記録（記帳）

日々の窓口日計表に基づき、売上を入力します。この際、「保険診療分（非課税）」「自由診療分（課税）」「物品販売分（課税）」などを明確に区分して入力する必要があります。また、社会保険診療報酬支払基金や国保連からの入金決定通知書に基づき、振込額だけでなく、査定減なども考慮して売上を計上します。 経費については、医薬品費、検査委託費、給料賃金、地代家賃、リース料などを入力します。

ステップ3：決算処理（棚卸し）

12月31日の診療終了後に、院内にある医薬品、ワクチン、診療材料などの在庫数を数え（実地棚卸）、金額を算出します。在庫は経費にならず資産となるため、この計算が利益に大きく影響します。また、高額な医療機器の減価償却費の計算も行います。

ステップ4：申告書の作成

帳簿が完成したら、それをもとに確定申告書を作成します。ここで「措置法26条」の適用を受けるかどうかのシミュレーションを行い、有利な方を選択して申告書を作成します。

ステップ5：提出と納税

作成した申告書をe-Taxなどで提出し、納税を行います。

クリニックが自分で確定申告をするために必要な資料等

確定申告をスムーズに進めるためには、膨大な資料の整理・保存が欠かせません。

収入関係の資料

• 社会保険診療報酬支払基金・国保連からの「振込通知書」「支払決定通知書」
• 窓口日計表（日々のレジ締めデータ）
• 自賠責保険や労災保険の請求控え・入金明細
• 健康診断や予防接種の委託料入金明細
• 自動販売機等の雑収入明細

経費関係の資料

• 医薬品卸、検査会社、医療機器メーカーからの請求書・領収書
• 医療廃棄物処理の伝票（マニフェスト）
• テナント賃貸借契約書
• スタッフの賃金台帳・源泉徴収簿
• 学会年会費、医師会費の領収書
• 医学書、白衣等の購入領収書

各種控除証明書

• 国民年金基金、小規模企業共済、医師国保（または国民健康保険）の払込証明書
• 生命保険料控除証明書
• ふるさと納税の寄附金受領証明書

クリニックが税理士を活用するメリット

クリニック経営において、税理士は単なる「計算代行屋」ではなく、病院経営を支える「参謀」としての役割を果たします。

診療への専念とQOLの向上

面倒な記帳や給与計算、年末調整などをアウトソーシングすることで、院長先生は診療に全力を注ぐことができます。空いた時間を休養や家族との時間に充てることで、QOL（生活の質）を高め、長く健康に診療を続けることができます。

最適な節税対策の提案

医療に強い税理士は、措置法26条の有利判定はもちろん、医療機器購入時の「中小企業投資促進税制」などの即時償却や税額控除の適用可否、小規模企業共済やiDeCoを活用した個人の節税まで、トータルでの最適解を提案してくれます。

医療法人化のシミュレーション

売上が拡大し、所得税率が高くなってきた段階で、医療法人化（法人成りの）シミュレーションを行います。法人化にはメリット・デメリットがありますが、税理士は数字に基づいた客観的な判断材料を提供し、設立認可申請のサポート（行政書士との連携含む）も行います。

税務調査への対応と安心感

現金を扱うクリニックは税務調査の対象になりやすい業種です。税理士がいれば、事前の対策指導から、当日の立会い、調査官との折衝までを任せることができ、精神的な負担が大幅に軽減されます。

クリニックが税理士を活用するデメリット

税理士への依頼はメリットばかりではありません。以下のデメリットやリスクも考慮する必要があります。

コストの発生

当然ながら、税理士報酬という固定費が発生します。一般的なビジネスクライアントよりも処理が複雑であるため、医療特化の税理士報酬はやや高めに設定されていることが多いです。

専門性の有無によるミスマッチ

「税理士なら誰でも同じ」ではありません。一般企業の税務しか経験のない税理士に依頼してしまうと、措置法26条の存在を知らなかったり、消費税の非課税売上対応を間違えたりといった致命的なミスが起こる可能性があります。また、医療用語や保険点数の仕組みが通じず、コミュニケーションにストレスを感じることもあります。

クリニックが税理士へ依頼する場合の費用相場

税理士の費用は自由化されており、事務所によって千差万別ですが、医療業界のおおよその相場観を知っておくことは重要です。

個人開業医の場合

• 年商5,000万円未満: 月額顧問料 3万円〜5万円 ＋ 決算料（月額の4〜6ヶ月分）。年間 50万円〜80万円程度。
• 年商5,000万円〜1億円: 月額顧問料 5万円〜8万円 ＋ 決算料。年間 80万円〜150万円程度。 記帳代行（領収書の丸投げ）や給与計算を依頼する場合は、さらに追加料金がかかります。

医療法人の場合

医療法人は、都道府県への事業報告書提出など、個人よりも手続きが煩雑になるため、報酬相場は個人開業医の1.2倍〜1.5倍程度になることが一般的です。

クリニックが税理士を探す方法

医療特有の事情に精通した税理士を見つけるためのルートを紹介します。

医師仲間や先輩開業医からの紹介

最も確実な方法は、信頼できる医師仲間からの紹介です。「医療法人化のサポートが手厚いか」「レスポンスは早いか」「調査時の対応はどうだったか」といった、Webサイトには載っていないリアルな評判を聞くことができます。

医療特化の税理士紹介サイトの利用

一般的な税理士紹介サイトではなく、「ドクター向け」「医療特化」を謳う紹介サービスを利用します。コーディネーターが医療税務の実績を確認した上で紹介してくれるため、ミスマッチが少なくなります。

医薬品卸や医療機器メーカーの紹介

日常的に出入りしている卸業者やメーカーの担当者は、多くのクリニックを見ており、評判の良い税理士情報を持っていることがあります。また、開業コンサルタントからの紹介も有効です。

クリニックが税理士を選ぶ際のポイント

数ある税理士の中から、クリニックにとって最適なパートナーを見極めるためのチェックポイントです。

医療税務の実績と知識

これが絶対条件です。面談時に「現在の顧問先にクリニックは何件あるか」「措置法26条のシミュレーションは行っているか」「消費税の課税売上割合の計算についてどう考えているか」などを質問し、即答できるか確認しましょう。

経営コンサルティング能力

単に数字を合わせるだけでなく、「レセプト枚数の推移から見る増患対策」や「スタッフの採用・定着に関するアドバイス」、「ＭＳ法人（メディカルサービス法人）の活用提案」など、経営面での相談に乗ってくれる税理士であれば、報酬以上の価値があります。

訪問頻度とコミュニケーション

院長先生は多忙なため、毎月の訪問が必要か、あるいはZoomなどでの効率的な打ち合わせが可能かなど、ご自身のスタイルに合った対応をしてくれるかを確認しましょう。また、専門用語を使わず、分かりやすく説明してくれるかどうかも重要です。

まとめ

クリニックにとって確定申告は、避けては通れない義務であると同時に、病院の経営状態を健康診断し、持続可能な地域医療を提供し続けるための重要なプロセスです。

まずは、院長先生ご自身が申告の対象となる所得構造を理解し、適切な期限管理を行うことがスタートラインです。特に税制改正により基礎控除額やペナルティの規定が変動する場合があるため、常に最新の情報をキャッチアップする必要があります。 開業初期や極めて小規模なうちは自分で申告を行うことも可能ですが、売上が伸び、複雑な消費税対応や医療法人化の検討が必要な段階になれば、迷わず医療に強い税理士というパートナーを迎えることを検討してください。

良い税理士は、複雑な税務リスクからクリニックを守り、院長先生が安心して診療に専念できる環境を整えてくれるはずです。正しい税務知識と適切なパートナーシップを武器に、健全なクリニック経営を実現していきましょう。

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この記事の作成者 
宮嶋 直 　公認会計士/税理士 
京都大学理学部卒業後、大手会計事務所であるあずさ監査法人（KPMGジャパン）に入所。その後、外資系経営コンサルティング会社であるアクセンチュア、大手デジタルマーケティング会社であるオプトの経営企画管掌執行役員兼CFOを経験し、現在に至る。