特定非営利活動法人、いわゆるNPO法人は、市民活動の活性化や社会課題の解決において極めて重要な役割を担っています。行政の手が届きにくい分野や、民間企業では採算が合わない領域において、NPO法人の活動は現代社会に不可欠なインフラとなりつつあります。しかし、その活動の原資は、寄付金や補助金、会費といった公的な性質を帯びた資金であることが多く、株式会社以上に高い透明性と説明責任が求められます。
組織が大きくなり活動が広がるにつれて、重要になってくるのが「会計監査」です。しかし、具体的にどのような場合に会計監査が必要になるのか、また、内部の監事による監査と公認会計士による外部監査はどう違うのか、正確に理解しているNPO法人の担当者は意外と少ないのが現状です。
本記事では、NPO法人の運営者や経理担当者、理事の方々に向けて、NPO法人における会計監査の必要性や法的要件、費用感、そして監査人選びのポイントについて、専門的な視点から徹底的に解説します。
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NPO法人の会計監査が必要なケースとは？
NPO法人とは？
NPO法人の定義と設立の背景
NPO法人とは、「特定非営利活動促進法」に基づいて設立された法人を指します。NPOは「Non-Profit Organization」の略称であり、直訳すれば「非営利組織」となりますが、これは「利益を出してはいけない」という意味ではありません。「利益を構成員（社員や役員など）に分配してはいけない」という意味です。事業活動を通じて利益が出た場合、その利益は次の活動や事業のために再投資されなければなりません。これが株式会社との最大の違いです。
1995年の阪神・淡路大震災を契機に、ボランティア活動や市民活動の重要性が広く認識されるようになりました。しかし、当時は法人格を持たない任意団体が多く、契約の主体になれなかったり、銀行口座の開設が困難であったりと、活動上の不都合が多くありました。そこで、市民が行う自由な社会貢献活動を促進し、法人格を簡易に取得できる仕組みとして、1998年に特定非営利活動促進法（NPO法）が制定されました。
NPO法人の種類と社会的信頼
NPO法人には、大きく分けて二つの段階があります。一つは、所轄庁（都道府県や指定都市）の認証を受けて設立される通常の「NPO法人」です。そしてもう一つは、より高い公益性が認められ、税制上の優遇措置を受けることができる「認定NPO法人」および「特例認定NPO法人」です。
通常のNPO法人は、設立の要件さえ満たせば比較的容易に法人格を取得できますが、税制上のメリットは株式会社等の一般法人と大きく変わりません。一方で、認定NPO法人は、パブリック・サポート・テスト（PST）と呼ばれる基準をクリアし、広く市民から支持されていることが客観的に証明された法人です。認定を受けることで、寄付者が寄付金控除を受けられるようになるため、資金調達の面で非常に有利になりますが、その分、極めて厳格な情報開示と会計処理が求められます。
NPO法人に求められるアカウンタビリティ
NPO法人は、その活動資金の多くを、会費、寄付金、助成金、補助金などで賄っています。これらは「対価性」のない資金、つまり、商品やサービスの直接的な対価として支払われるものではなく、法人の理念や活動内容への共感、期待に基づいて提供される資金です。
したがって、NPO法人には「頂いた資金をどのように使い、どのような成果を上げたのか」を報告する義務、すなわちアカウンタビリティ（説明責任）が強く求められます。不透明な会計処理や杜撰な資金管理は、支援者の信頼を失墜させ、法人の存続そのものを危うくします。このような背景から、NPO法人における会計と監査の重要性は年々高まっています。
NPO法人が準拠すべき会計監査とは？
NPO法人会計基準の重要性
NPO法人の会計には、株式会社のような「企業会計原則」とは異なる独自のルールが存在します。それが「NPO法人会計基準」です。NPO法が施行された当初は、統一された会計基準がなく、各法人が独自の方法で決算書を作成していたため、法人間の比較が難しく、透明性が低いという問題がありました。
そこで、民間の主導により策定されたのがNPO法人会計基準です。現在では、多くの所轄庁がこの基準に基づく計算書類の作成を推奨しており、認定NPO法人の申請においては、実質的にこの基準に準拠していることが必須条件となっています。
NPO法人会計基準の大きな特徴は、「活動計算書」を作成することです。企業の「損益計算書」にあたるものですが、利益を追求するのではなく、どのような活動にどれだけの資金を使い、その財源はどうであったかを表示することに主眼が置かれています。監査を受けるにあたっては、まずこのNPO法人会計基準に則って正しく会計処理が行われていることが前提となります。
会計監査の目的
会計監査の目的は、作成された計算書類（活動計算書、貸借対照表、財産目録など）が、適正に法人の財政状態や活動状況を表しているかを、独立した第三者が検証し、意見を表明することにあります。
NPO法人にとっての監査は、単なる数字のチェックではありません。監査報告書が付されることで、その計算書類には高い信頼性が付与されます。これは、寄付者や助成財団、行政機関からの信頼獲得に直結し、資金調達力の強化につながります。つまり、会計監査はコストではなく、信頼という資産を築くための投資であると言えます。
監査の種類
NPO法人に関わる監査には、大きく分けて三つの種類があります。 一つ目は、法人の内部機関である「監事」による監査です。これは全てのNPO法人に義務付けられています。 二つ目は、所轄庁による「立ち入り検査」などの行政監査です。これは法令違反の疑いがある場合や、認定NPO法人の更新時などに行われます。 三つ目が、本記事の主題である「公認会計士または監査法人」による外部監査です。これは、特定の要件を満たす法人に義務付けられるほか、法人が自主的に依頼する場合もあります。
NPO法人のうち公認会計士等の会計監査が必要なケース
全てのNPO法人が公認会計士による監査を受けなければならないわけではありません。法律によって義務付けられているケースと、状況によって必要となるケースがあります。ここでは、具体的にどのような場合に外部監査が必要となるのかを詳述します。
認定NPO法人等の要件による義務化
特定非営利活動促進法の改正により、一定規模以上の認定NPO法人（特例認定NPO法人を含む）に対して、公認会計士または監査法人による会計監査が義務付けられました。
具体的には、以下のいずれかの要件を満たす認定NPO法人は、会計監査人を設置し、監査を受けなければなりません。
- 収益の額が10億円以上であること 最終事業年度の活動計算書における「経常収益」の額が10億円を超える場合です。これだけの規模になると、社会的な影響力も大きく、より高度な透明性が求められます。
- 負債の額が50億円以上であること 最終事業年度の貸借対照表における「負債の部」の合計額が50億円を超える場合です。多額の負債を抱える法人は、財務の健全性を外部の目でチェックする必要があります。
この義務化の規定は、大規模な認定NPO法人のガバナンス強化を目的としています。対象となる法人は、定款を変更して会計監査人を設置し、毎事業年度終了後に監査報告書を所轄庁に提出する必要があります。
その他の法律や条例による義務化
NPO法以外にも、特定の事業を行う場合に、他の法律によって監査が義務付けられることがあります。
例えば、「社会福祉法」に基づく社会福祉事業を行う場合や、「私立学校法」に基づく学校設置に関連する事業を行う場合など、事業の許認可要件として財務諸表の監査が求められるケースがあります。また、自治体によっては、指定管理者制度を利用して公の施設の管理運営を行うNPO法人に対し、条例や協定書によって外部監査を義務付けている場合があります。指定管理料が一定額を超える場合などは、公金の適正な使途を証明するために監査報告書の提出が必須となることが一般的です。
助成金や補助金の交付要件
国や地方自治体、民間の助成財団から、多額の助成金や補助金を受ける場合、その交付要件として公認会計士による監査が求められることがあります。
信用力向上のための自主的な導入
法的な義務がなくても、自主的に公認会計士監査を導入するNPO法人が増えています。これを「任意監査」と呼びます。
自主的に監査を受ける主な理由は、「社会的信用の向上」です。特に、広く一般から寄付を募るファンドレイジングに力を入れている団体や、企業のCSR活動と連携している団体においては、外部監査を受けていることが「信頼できる団体」の証となります。
「私たちの団体は、第三者の専門家によって適正に会計処理されていることが証明されています」と胸を張って言えることは、寄付者への強力なアピール材料となります。また、将来的に認定NPO法人の取得を目指している場合、予行演習として、あるいは管理体制の整備のために、早期から監査を導入することもあります。内部統制の不備を指摘してもらい、改善につなげるためのコンサルティング的な意味合いで監査を利用するケースも少なくありません。
公認会計士監査と監事の監査の違い
NPO法人には必ず「監事」を置く必要がありますが、監事の監査と公認会計士の監査は、その役割や専門性において大きく異なります。この違いを理解することは、適切な監査体制を構築する上で非常に重要です。
監事の役割と監査範囲
監事は、NPO法人の内部機関として、理事の業務執行を監査する役割を担っています。監事の監査には、「業務監査」と「会計監査」の二つの側面があります。
業務監査とは、理事が法令や定款、総会の決議に従って正しく業務を行っているかをチェックすることです。一方、会計監査とは、計算書類が法人の財産状況を正しく表示しているかをチェックすることです。
しかし、NPO法人の監事は、必ずしも会計の専門家である必要はありません。会員の中から選ばれたり、団体の活動に理解のある有識者が就任したりすることが多く、公認会計士や税理士の資格を持っていないケースが大半です。そのため、監事による会計監査は、通帳の残高確認や領収書のチェックといった基本的な確認にとどまることが多く、会計基準への準拠性や内部統制の有効性といった専門的な領域まで踏み込むことは困難な場合があります。
公認会計士の役割と監査範囲
公認会計士による監査は、会計のプロフェッショナルである外部の専門家が、計算書類の「適正性」について意見を表明するものです。
公認会計士は、NPO法人会計基準などの一般に公正妥当と認められる会計基準に準拠して計算書類が作成されているかを、専門的な手法を用いて検証します。これには、内部統制の評価、試査による取引の検証、金融機関への残高確認、実地棚卸の立会いなどが含まれます。
公認会計士監査の最大の特徴は、その「独立性」にあります。法人の内部とは利害関係のない第三者の立場から、客観的に判断を下すため、その監査報告書には高い社会的信頼性が付与されます。
監事と公認会計士の連携
大規模なNPO法人や認定NPO法人においては、監事と公認会計士が連携することが重要です。
監事は、日常的な業務執行の状況を把握しており、公認会計士は、専門的な会計監査のスキルを持っています。公認会計士が会計監査を行い、その結果を監事に報告することで、監事はより実効性の高い監査を行うことができます。会計監査人が設置されている法人では、計算書類の監査は主に会計監査人が担い、監事はその会計監査人の監査の方法や結果が相当であるかを監査するという、二重のチェック体制となります。これにより、ガバナンス機能が強化され、不正の防止や早期発見につながります。
NPO法人が会計監査を依頼する場合の費用相場
会計監査を依頼する際に、最も気になるのが費用です。NPO法人は資金的に余裕がない場合も多いため、監査報酬がどの程度かかるのかは重要な問題です。しかし、監査報酬に定価はなく、法人の規模や監査の内容によって大きく変動します。
監査報酬の決定要因
監査報酬は、基本的に「監査にかかる時間（工数）」×「単価」で積算されます。監査にかかる時間は、以下の要素によって変動します。
- 法人の規模: 年間収益規模や資産総額が大きいほど、確認すべき取引量が増え、監査時間は長くなります。
- 事業の複雑性: 複数の種類の事業を行っている場合や、海外取引がある場合、事業所が複数ある場合などは、監査が複雑になり、工数が増加します。
- 内部統制の整備状況: 経理体制がしっかりしており、書類が整理され、ミスが少ない場合は、監査手続を効率化できるため、監査時間は短くなります。逆に、経理が杜撰で、資料の不備が多い場合は、修正や確認に時間を要し、報酬が高くなります。
費用相場の目安
あくまで一般的な目安ですが、NPO法人の監査報酬は、株式会社の上場企業監査などに比べると低く設定される傾向にあります。
- 小規模な法人（年間収益1億円未満）: 任意監査の場合、年間50万円〜100万円程度が相場となることが多いです。ただし、監査の内容を限定的なもの（合意された手続など）にする場合は、さらに抑えられることもあります。
- 中規模な法人（年間収益1億円〜5億円程度）: 年間100万円〜200万円程度が目安となります。この規模になると、内部統制の評価なども本格的に行う必要が出てきます。
- 大規模な法人（年間収益10億円以上）: 法定監査の対象となる規模です。年間200万円〜500万円、あるいはそれ以上かかる場合もあります。事業所の数や複雑さによっては、1000万円を超えるケースもあります。
これらはあくまで目安であり、監査法人や公認会計士事務所によって料金体系は異なります。また、初年度は法人の事業内容や会計処理を理解するための初期調査（ショートレビュー）が必要となるため、2年目以降よりも高くなるのが一般的です。
費用を抑えるための工夫
監査費用を抑えるためには、監査人が効率的に監査を行える環境を整えることが重要です。
具体的には、日々の会計処理を正確に行うこと、証憑書類を整理整頓しておくこと、決算作業を遅滞なく完了させることなどが挙げられます。また、NPO法人会計基準に精通した税理士に日常の記帳指導を受けておくことも有効です。監査前の準備が整っていればいるほど、監査人の作業時間は短縮され、結果として報酬の交渉余地が生まれます。
NPO法人が会計監査を依頼する場合に気をつけるべきポイント
会計監査は、単に公認会計士に依頼すればよいというものではありません。NPO法人特有の事情を理解していない監査人を選ぶと、スムーズに監査が進まないばかりか、現場に過度な負担がかかることもあります。
NPO法人会計基準への精通度
最も重要なポイントは、依頼する公認会計士が「NPO法人会計基準」に精通しているかどうかです。
公認会計士の多くは、上場企業などの営利企業の監査を主に行っています。営利企業の会計とNPO法人の会計は、目的も概念も異なります。例えば、NPO法人には「利益」という概念の代わりに「正味財産」の増減が重視されますし、寄付金やボランティアといった特殊な要素もあります。
NPO法人会計基準に詳しくない会計士に依頼してしまうと、企業会計の論理で指摘を受け、NPOの実態に合わない会計処理を求められるなど、無用な混乱を招く恐れがあります。必ず、NPO法人の監査実績が豊富で、この分野の専門知識を持った会計士を選ぶ必要があります。
NPOの活動理念への理解
NPO法人は、社会課題の解決というミッションを持って活動しています。効率性や利益追求だけが正義ではありません。監査人がこの「非営利セクターの文化」や、その法人の「ミッション」を理解しているかどうかも重要です。
現場のスタッフは、限られたリソースの中で、情熱を持って活動しています。監査人が高圧的な態度で接したり、現場の事情を無視した要求をしたりすれば、スタッフのモチベーションを下げ、監査への協力が得られなくなる可能性があります。会計の専門家としての厳しさを持ちつつも、NPOの活動に敬意を払い、共に良くなろうという姿勢で接してくれるパートナーを選ぶべきです。
指導的機能（アドバイザリー）の期待
多くのNPO法人では、経理担当者が一人しかいなかったり、兼務であったりと、管理部門の体制が十分でないことがあります。そのため、監査人には単に間違いを指摘するだけでなく、「どうすれば正しくできるか」「どうすれば効率化できるか」といった指導的な役割も期待されます。
もちろん、監査人は独立性を保つ必要があるため、自ら決算書を作成することはできません（自己監査の禁止）。しかし、会計基準の解釈や内部統制の構築について、適切なアドバイスを提供してくれる会計士であれば、監査を通じて法人の管理能力そのものを向上させることができます。契約前に、どのようなスタンスで監査に臨むのか、相談しやすい雰囲気かどうかを確認することが大切です。
NPO法人が会計監査を依頼するときによくある質問の例と回答
ここでは、NPO法人が会計監査を検討する際によくある疑問とその回答をまとめました。
Q1. 税理士に監査をお願いすることはできますか？
A1. 原則としてできません。 法律上、会計監査人として監査報告書を発行できるのは「公認会計士」または「監査法人」に限られています。税理士は税務の専門家ですが、会計監査の独占業務資格は持っていません（公認会計士資格を併有している場合を除く）。 また、普段から税務顧問として関与している税理士や公認会計士は、独立性の観点から、その法人の監査を行うことはできません。決算書を作成する側（税務顧問）と、それをチェックする側（監査人）は、別人である必要があります。
Q2. 監査はいつ頃から依頼すればよいですか？
A2. できるだけ早い段階、理想的には事業年度が始まる前、遅くとも期中には契約を結ぶべきです。 監査は決算が終わってから始まるものではありません。期中に行う内部統制のテストや、期末日に行う在庫の立会いなど、年間を通じた手続きが必要です。決算が終わった後に「監査をお願いします」と依頼しても、過去の事実確認ができないため、監査意見が出せない（監査不能）となるリスクがあります。また、NPO監査に対応できる会計士は限られているため、早めの確保が重要です。
Q3. 監査で「不適正意見」が出たらどうなりますか？
A3. 監査報告書で「不適正意見」（計算書類が適正でない）が出されることは、法人にとって重大なダメージとなります。 認定NPO法人の場合、認定の取り消し事由となる可能性があります。また、助成金の返還を求められたり、今後の資金調達が困難になったり、社会的信用を失ったりする恐れがあります。 通常、監査の過程で問題点が見つかれば、監査人から修正の勧告があります。法人がそれに従って修正すれば「適正意見」となります。不適正意見が出るのは、重大な誤りを法人が修正しない場合などに限られます。
Q4. 任意監査でも「適正意見」をもらえますか？
A4. はい、もらえます。 任意監査であっても、公認会計士は監査基準に従って厳格な手続きを行い、計算書類が適正であると判断すれば「適正意見」を表明した監査報告書を発行します。ただし、契約により監査の範囲を限定した場合（例えば、特定の事業のみを監査する場合や、一部の手続きを省略する場合）は、限定的な結論となる「合意された手続（AUP）業務」の報告書となることもあります。目的に応じて、どのような報告書が必要なのかを事前に監査人とすり合わせることが重要です。
まとめ
NPO法人における会計監査は、単なる法的義務の履行にとどまらず、法人の信頼性を高め、持続可能な活動を支えるための重要な基盤となります。
大規模な認定NPO法人には法律で監査が義務付けられていますが、それ以外の法人であっても、助成金の要件や、社会的信用の獲得、ガバナンスの強化を目的として、監査を導入するケースが増えています。
監査を依頼する際は、以下のポイントを心に留めてください。
- NPO法人会計基準への専門性: 一般企業とは異なるNPO独自の会計ルールに精通した会計士を選びましょう。
- NPOの活動への理解: 非営利組織の特性やミッションに共感し、現場のリソースに配慮できるパートナーを探しましょう。
- 早めの準備と計画: 監査は決算後だけの作業ではありません。期中からの関与が必要です。
- 監事との連携: 内部の監事監査と外部の会計士監査が連携することで、より質の高いガバナンスが実現します。
透明性の高い会計と、信頼できる監査体制は、支援者からの信頼を呼び込み、結果としてNPO法人の活動をより大きく、より社会に貢献できるものへと成長させてくれるはずです。コストとしてではなく、未来への投資として、会計監査の導入を検討してみてはいかがでしょうか。
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この記事の作成者
宮嶋 直 公認会計士/税理士
京都大学理学部卒業後、大手会計事務所であるあずさ監査法人（KPMGジャパン）に入所。その後、外資系経営コンサルティング会社であるアクセンチュア、大手デジタルマーケティング会社であるオプトの経営企画管掌執行役員兼CFOを経験し、現在に至る。