医師という職業は、一般的な会社員と比較して給与水準が高く、勤務形態も多岐にわたるため、税務処理が複雑になりやすい傾向にあります。常勤の勤務医であっても、複数の医療機関で非常勤として働いていたり、講演料や執筆料を得ていたりと、収入源が複数あるケースが珍しくありません。また、開業医であれば事業主として全ての責任を負うことになります。
そのため、多くの医師にとって「確定申告」は避けて通れない重要な手続きとなります。しかし、多忙な診療業務の合間を縫って税務の知識を深め、正確な申告を行うことは容易ではありません。本記事では、医師が確定申告を行う必要性やその判断基準、自分で行う場合の手順、そして税理士に依頼する際のメリットや選び方について、網羅的に徹底解説します。
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医師は確定申告が必要か？
結論から申し上げますと、多くの医師は確定申告が必要となるケースに該当します。しかし、全ての医師が一律に必要というわけではなく、勤務形態や年収、副業の有無などによって判断が分かれます。ここでは、勤務医と開業医、そしてその他のケースに分けて詳しく解説します。
勤務医の場合
病院やクリニックに雇用されている勤務医の場合、基本的には年末調整によって所得税の精算が行われるため、確定申告が不要なケースもあります。しかし、医師特有の働き方や高額な給与所得により、以下の条件に当てはまる場合は確定申告が必須となります。
まず、年間の給与収入が2,000万円を超える場合です。年末調整の対象となるのは年収2,000万円以下の給与所得者に限られるため、これを超える医師は自分で確定申告を行い、税額を確定させて納税しなければなりません。
次に、主たる給与以外の所得が20万円を超える場合です。講演料、原稿料などの雑所得の合計が年間20万円を超えると、確定申告が必要になります。
さらに、2ヶ所以上から給与を受けている場合で、年末調整をされなかった給与の収入金額と、各種の所得金額（給与所得、退職所得を除く）との合計額が20万円を超える場合も申告が必要です。
開業医の場合
開業医は個人事業主という扱いになりますので、原則として全員が確定申告を行う必要があります。病院からの給与ではなく、診療所経営によって得た「事業所得」を申告することになります。
開業医の場合、診療報酬や窓口収入などの売上から、人件費、家賃、医薬品費、医療機器の減価償却費などの必要経費を差し引き、残った利益に対して税金がかかります。赤字の場合など例外的に納税が発生しないこともありますが、青色申告の特典を利用して損失を繰り越すためや、国民健康保険料の算定などのために、やはり申告自体は必要となるケースがほとんどです。
その他の所得がある場合
医師としての業務以外から所得を得ている場合も注意が必要です。例えば、不動産投資を行っており家賃収入がある場合（不動産所得）、株式や投資信託の売買で利益が出ている場合（譲渡所得）、ゴルフ会員権の売却益がある場合などが該当します。
特に不動産投資は節税対策として行っている医師も多いですが、不動産所得が赤字であれば給与所得と損益通算（相殺）して税金を還付してもらうために確定申告を行う必要があります。逆に黒字であれば、当然その分の税金を納めるために申告が必要です。
控除を受けるための還付申告
納税の義務が生じるケースだけでなく、払いすぎた税金を取り戻すために確定申告を行う場合もあります。これを還付申告と呼びます。
例えば、多額の医療費を支払った場合の「医療費控除」、ふるさと納税を行った場合の「寄附金控除」（ワンストップ特例制度を利用しない場合）、住宅ローンを組んで自宅を購入した場合の「住宅借入金等特別控除（初年度）」などが代表的です。これらは年末調整では処理できない（または初年度はできない）ため、医師自らが確定申告を行うことで初めて適用され、税金が還付されます。
確定申告の提出期限
確定申告には厳格な期限が設けられています。この期限を守ることは、納税者としての義務であり、無用なペナルティを避けるためにも非常に重要です。
原則的な申告期間
所得税の確定申告の期間は、原則として対象となる年の翌年2月16日から3月15日までです。例えば、令和5年分の所得に関する申告は、令和6年の2月16日から3月15日までの間に行う必要があります。
この期間内に、所轄の税務署へ申告書類を提出し、納税までを済ませる必要があります。提出方法は、税務署の窓口へ持参するほか、郵送、または国税電子申告・納税システム（e-Tax）を利用して送信する方法があります。近年では、利便性の高さからe-Taxの利用が推奨されています。
期限日が土日祝日の場合
申告期限である3月15日が土曜日、日曜日、または国民の祝日に当たる場合は、その翌平日が期限となります。例えば、3月15日が土曜日の場合、月曜日の3月17日が期限となります。このルールは開始日である2月16日についても同様です。
還付申告の期限
税金を納めるのではなく、戻してもらうための「還付申告」については、上記の期間に縛られません。対象となる年の翌年1月1日から5年間、いつでも提出することが可能です。
多忙な医師の中には、医療費控除やふるさと納税の申告を忘れてしまう方もいらっしゃいますが、5年以内であれば遡って申告することができます。
振替納税の振替日
納税方法として口座振替（振替納税）を選択している場合、実際の引き落とし日は申告期限の約1ヶ月後、通常は4月中旬となります。申告書を3月15日までに提出したとしても、口座の残高不足などで振替ができなかった場合は、法定納期限（3月15日）の翌日から延滞税がかかることになるため注意が必要です。
医師が確定申告を行わない場合のペナルティ
確定申告が必要であるにもかかわらず、申告をしなかったり、期限を過ぎてしまったりした場合には、本来納めるべき税金に加えて様々なペナルティが課されます。医師としての社会的信用を守るためにも、これらのリスクを正しく理解しておく必要があります。
無申告加算税
申告期限を過ぎたまま申告しなかった場合、納めるべき税額に対して「無申告加算税」が課されます。納税者自らが期限を守ることが、加算税の軽減につながります。
延滞税
税金を定められた期限（通常は3月15日）までに納めなかった場合、納付するまでの日数に応じて利息に相当する「延滞税」がかかります。
延滞税の税率は年度によって変動しますが、納期限から2ヶ月を経過すると税率が跳ね上がる仕組みになっています。申告が遅れれば遅れるほど、雪だるま式に支払う金額が増えていくことになります。
重加算税
これは最も重いペナルティです。単なる申告漏れではなく、二重帳簿の作成や書類の改ざん、売上の隠蔽など、悪質な仮装・隠蔽工作が行われたと判断された場合に課されます。
無申告加算税や過少申告加算税に代えて課されるもので、その税率は無申告の場合は40%、過少申告の場合は35%と極めて高率です。医師の場合、自費診療の売上を除外したり、架空の人件費を計上したりといった行為がこれに該当する可能性があります。
青色申告の承認取り消し
開業医が青色申告の承認を受けている場合、期限後申告を繰り返すと、青色申告の承認が取り消されるリスクがあります。
青色申告には、最大65万円の特別控除や、家族への給与を経費にできる青色事業専従者給与、赤字を3年間繰り越せる純損失の繰越控除など、強力な節税メリットがあります。承認が取り消されるとこれらの特典がすべて失われ、白色申告扱いとなるため、税負担が大幅に増加することになります。
医師は自分で確定申告を行うことが可能か？
「医師は多忙だが、自分で確定申告をすることは可能なのか」という疑問を持つ方も多いでしょう。結論から言えば、物理的・制度的には可能です。しかし、実務的には医師特有の事情により、難易度はケースバイケースで大きく異なります。
勤務医で申告内容がシンプルな場合
一箇所の病院に勤務しており、その他に数箇所のアルバイト先がある、あるいはふるさと納税や医療費控除の申告をするだけ、といったケースであれば、自分で行うことは十分に可能です。
現在は国税庁の「確定申告書等作成コーナー」や、市販の会計ソフトが非常に使いやすくなっており、源泉徴収票の数字や控除証明書の情報を入力していくだけで、自動的に計算を行い、申告書を作成してくれます。特にスマートフォンとマイナンバーカードを使ったe-Tax申請は年々簡素化されており、会計知識がそれほど深くなくても対応できる環境が整っています。
開業医の場合
開業医の場合、自分で確定申告を行う難易度は格段に上がります。日々の診療で発生する売上や経費を複式簿記で記帳し、決算書（貸借対照表・損益計算書）を作成する必要があります。
医療機器の減価償却、医薬品の棚卸し、スタッフの給与計算や社会保険手続きなど、処理すべき項目は多岐にわたります。また、社会保険診療報酬の入金サイクルや、概算経費の特例（措置法26条）の適用判断など、医療業界特有の税務知識も求められます。これらを診療の合間に行うことは、時間的にも精神的にも大きな負担となります。不可能ではありませんが、相当な労力と学習コストが必要となるでしょう。
不動産所得や譲渡所得がある場合
複数の物件を所有している場合や、売買を行った年度などは計算が複雑になります。減価償却費の計算や、修繕費と資本的支出の区分、借入金利子の必要経費算入など、専門的な判断が必要な場面が多くなります。これを誤ると、税務署から指摘を受ける可能性が高まります。
医師が自分で確定申告を行うことメリット
多忙な医師があえて自分で確定申告を行うことには、どのようなメリットがあるのでしょうか。
税理士報酬の節約
最大のメリットは、コストの削減です。税理士に依頼すれば、当然ながら報酬が発生します。申告内容や依頼範囲にもよりますが、数万円から数十万円、開業医の顧問契約となれば年間でさらに高額な費用がかかります。自分で行えば、会計ソフトの利用料や書籍代などの実費のみで済むため、金銭的な負担を大きく抑えることができます。
お金の流れと税金の仕組みを理解できる
自分で帳簿をつけ、申告書を作成する過程で、自身のお金の流れを正確に把握できるようになります。どれくらいの収入があり、何にどれだけ経費を使っているのか、税金がどのように計算されているのかを肌感覚で理解することは、経営感覚を養う上で非常に有益です。
特に将来的に開業を考えている勤務医にとっては、税金の仕組みや経費の概念を学んでおくことは、開業後の医院経営における予行演習として役立ちます。
自分のタイミングで作業ができる
税理士に依頼する場合、資料の提出期限を守ったり、打ち合わせの時間を調整したりする必要があります。多忙な医師にとって、他者とのスケジュール調整はストレスになることもあります。自分で行う場合は、深夜や休日など、自分の空いた時間を活用して作業を進めることができます。
医師が自分で確定申告を行うことデメリット
一方で、自分で確定申告を行うことには看過できないデメリットやリスクも存在します。医師という専門職だからこそ、その影響は大きくなりがちです。
膨大な時間の消費（機会損失）
医師の時間は非常に高単価です。慣れない税務処理や帳簿作成に何十時間も費やすことは、経済合理性の観点からは大きなマイナスとなる可能性があります。
その時間を診療にあてたり、医学知識のアップデートに使ったり、あるいは休息にあてて英気を養ったりする方が、長期的にはより大きな価値を生み出すかもしれません。また、期限間近になって慌てて作業をすることで、本業への集中力が削がれるリスクもあります。
計算ミスや申告漏れのリスク
税法は複雑で、頻繁に改正が行われます。専門家でない限り、最新の税制を完全に把握することは困難です。その結果、計算ミスをしたり、必要な書類を添付し忘れたりするリスクが高まります。
特に医師の場合、収入が高額になる傾向があるため、些細なミスが数十万円、数百万円単位の追徴課税につながることもあります。また、逆に利用できる控除を知らずに使いそびれ、本来払わなくて良い税金を払ってしまう「損」をする可能性もあります。
節税対策の限界
税理士は節税のプロフェッショナルです。法律の範囲内で最大限に税金を安くする方法を知っています。例えば、開業医における「概算経費の特例」の有利不利判定や、少額減価償却資産の活用、共済制度への加入タイミングなど、専門知識がないと判断が難しい節税策は数多く存在します。自分で行う場合、これらの高度な節税テクニックを活用しきれず、結果として手元に残るお金が少なくなってしまう可能性があります。
税務調査への不安と対応
自分で申告を行った場合、もし税務調査が入った際には、全て自分で対応しなければなりません。税務署の調査官に対して、自分の申告内容の正当性を税法に基づいて主張することは、専門知識のない一般の方には非常にハードルが高い行為です。この精神的なプレッシャーは計り知れません。
医師が自分で確定申告をするための流れ
それでも自分で確定申告を行うと決めた場合、どのような手順で進めればよいのでしょうか。一般的な流れを解説します。
1. 必要書類の収集と整理
まず、申告に必要な書類をすべて集めます。給与所得の源泉徴収票、支払調書（講演料など）、経費の領収書やレシート、各種控除証明書（生命保険、地震保険、ふるさと納税など）、医療費の領収書などです。これらを項目ごとに分類し、整理することから始まります。この準備段階が最も手間がかかる部分でもあります。
2. 帳簿の作成・集計（事業所得がある場合）
開業医や、副業で事業所得がある場合は、日々の取引を帳簿に記録します。会計ソフトを利用するのが一般的です。領収書を見ながら日付、金額、勘定科目などを入力していきます。最終的に、これらのデータから「決算書（青色申告決算書または収支内訳書）」を作成し、年間の売上と経費、利益を確定させます。
3. 確定申告書の作成
集計したデータや源泉徴収票などの情報を基に、確定申告書を作成します。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用すれば、画面の案内に従って数値を入力するだけで、自動的に税額が計算され、申告書が作成されます。給与所得のみで医療費控除を受けるだけの場合などは、スマホでも簡単に作成可能です。
4. 提出・納税
作成した申告書を税務署に提出します。e-Tax（電子申告）を利用すれば、自宅から24時間いつでも送信可能です。その他、郵送や税務署の時間外収受箱への投函も可能です。
申告書の提出後、確定した税額を納付します。振替納税の手続きをしておけば自動引き落としになりますし、クレジットカード納付、コンビニ納付、QRコード決済なども利用可能です。還付申告の場合は、指定した銀行口座に後日還付金が振り込まれます。
医師が自分で確定申告をするために必要な資料等
スムーズに申告を行うためには、事前の資料準備が不可欠です。医師が特に用意すべき主な資料を挙げます。
収入を証明する書類
最も基本となるのが収入の証明です。 勤務医の場合は、勤務先から発行される「源泉徴収票」が必要です。複数の病院で働いている場合は、すべての勤務先からの源泉徴収票を集めなければなりません。 講演料や原稿料、製薬会社からの監修料などがある場合は、「支払調書」が送られてくることが多いですが、送られてこない場合でも通帳の入金記録などから金額を把握し、申告する必要があります。 開業医の場合は、日々の診療報酬明細書や窓口入金の日報、通帳などが収入の根拠資料となります。
経費を証明する書類
経費を計上するためには、その支払いを証明する「領収書」や「レシート」が必要です。宛名は原則として本人の氏名や医院名である必要があります。 クレジットカードで支払った場合は、「利用明細書」も保管しておきましょう。 学会への参加費、医学書の購入費、白衣や聴診器などの業務用品、医師会費などが経費の対象となります。勤務医の場合、「特定支出控除」という制度を利用できる可能性がありますが、適用要件が厳しいため、通常の経費精算とは異なる点に注意が必要です。
控除に関する書類
税金を減らすための控除証明書も忘れずに用意します。
- 社会保険料（国民健康保険、国民年金）の控除証明書（給与天引き以外で支払った場合）
- 生命保険料、地震保険料の控除証明書
- 小規模企業共済等の掛金払込証明書（iDeCoなど）
- 寄附金受領証明書（ふるさと納税など）
- 医療費控除の明細書（年間の医療費領収書を基に作成）
- 住宅ローン残高証明書（住宅ローン控除を受ける場合）
その他の準備物
- マイナンバーカード（または通知カードと身分証明書）
- 利用者識別番号（e-Taxを利用する場合）
- 銀行口座情報（還付金の振込先として）
医師が税理士を活用するメリット
医師にとって、税理士は単なる事務代行者以上の存在になり得ます。特に高額所得者や事業主である医師にとって、税理士を活用するメリットは多岐にわたります。
本業への専念と時間の創出
最大のメリットは、時間と労力の節約です。面倒な領収書の整理、帳簿の入力、複雑な申告書の作成といった一連の作業をプロに丸投げすることで、医師は本来の業務である診療や研究、あるいはプライベートな時間に集中することができます。医師の時給単価を考えれば、アウトソーシング費用は十分にペイする投資と言えるでしょう。
正確な申告とリスク回避
税理士は税務のプロフェッショナルです。最新の税制改正に対応し、正確な申告書を作成してくれます。これにより、計算ミスや記載漏れによる税務署からの指摘、追徴課税のリスクを大幅に減らすことができます。特に医師の税務は特有の論点（概算経費や交際費の範囲など）があるため、専門家のチェックが入る安心感は大きいです。
高度な節税提案
税理士は、単に税金を計算するだけでなく、合法的に税金を安くするための提案をしてくれます。 例えば、開業医であれば「医療法人化」のタイミングやメリット・デメリットの分析、MS法人（メディカル・サービス法人）の活用による所得分散、適切な役員報酬の設定、共済制度の活用など、素人では判断が難しい高度なスキームを提案してくれます。これにより、税理士報酬以上の節税効果が得られることも珍しくありません。
税務調査対応
万が一、税務調査が入った場合、税理士がいれば代理人として立ち会ってくれます。調査官からの質問に対して、専門的な見地から適切に回答し、納税者の権利を守ってくれます。税理士がいるだけで調査官の対応が変わることもあり、精神的な負担を劇的に軽減してくれます。
経営コンサルティング
開業医の場合、税理士は経営のパートナーにもなります。毎月の試算表を通じて医院の経営状態を分析し、資金繰りのアドバイスや、設備投資のタイミング、スタッフの採用計画など、数字に基づいた経営助言を受けることができます。
医師が税理士を活用するデメリット
もちろん、税理士への依頼にはデメリットも存在します。
費用の発生
当然ながら、税理士報酬というコストが発生します。顧問契約を結ぶ場合、毎月の顧問料と決算料がかかります。売上がまだ少ない時期や、資金繰りが厳しい時期には、この固定費が負担に感じられることもあるでしょう。
税理士との相性問題
税理士も人間ですので、相性の良し悪しがあります。 「説明が専門用語ばかりで分かりにくい」「連絡のレスポンスが遅い」「医療業界の事情に詳しくない」「節税提案が消極的すぎる」といった不満が出るケースもあります。自分に合わない税理士と契約してしまうと、ストレスを感じるだけでなく、適切なサービスを受けられない可能性があります。
医師が税理士へ依頼する場合の費用相場
税理士の費用は、依頼する業務の内容やボリューム、事務所の方針によって異なりますが、一般的な相場を知っておくことは重要です。
勤務医の場合
勤務医が確定申告のみをスポットで依頼する場合、比較的安価に済むことが多いです。
- 基本的な確定申告（給与所得＋簡単な副業など）： 5万円〜10万円程度
- 不動産所得がある場合： 物件数によるが、10万円〜20万円程度が上乗せされることが一般的
- 譲渡所得（不動産売却など）がある場合： 譲渡益に応じた成功報酬や、別途10万円〜程度の加算
開業医の場合
開業医は通常、年間を通じた顧問契約を結びます。
- 月額顧問料： 3万円〜5万円程度（売上規模により変動）
- 決算申告料： 月額顧問料の4〜6ヶ月分（15万円〜30万円程度）
- 記帳代行料： 領収書の整理などを丸投げする場合、月額1万円〜3万円程度の加算
- 年間トータル： 年商5,000万円規模のクリニックで、年間50万円〜80万円程度が目安となります。
オプション費用
- 税務調査立会い： 日当として3万円〜5万円程度
- 年末調整・法定調書作成： 基本料＋従業員数に応じた料金（数万円程度）
- 償却資産税申告： 1箇所につき1万円〜2万円程度
医師が税理士を探す方法
自分に合った税理士を見つけるためには、いくつかの方法があります。
知人の紹介（紹介）
医師仲間や先輩、開業コンサルタントなどからの紹介は、信頼性が高い方法です。実際に利用している人の評判を聞けるため、ハズレを引くリスクが低くなります。ただし、紹介者の手前、相性が合わなくても断りにくいというデメリットもあります。
税理士紹介会社
希望する条件（地域、予算、医療に強いなど）を伝えると、マッチする税理士を無料で紹介してくれるサービスです。複数の税理士を比較検討しやすく、断る際も代行してくれるため気楽です。ただし、紹介会社が提携している税理士の中に限られる点は留意が必要です。
インターネット検索
「医師 税理士 地域名」「医療法人 税理士」などのキーワードで検索し、各事務所のホームページを確認する方法です。事務所の強みや代表者の考え方、料金体系などを詳しく知ることができます。手間はかかりますが、自分の目でじっくり選びたい人に向いています。
医師が税理士を選ぶ際のポイント
税理士選びで失敗しないために、特に医師が重視すべきポイントを挙げます。
医療業界への専門性と実績
これが最も重要です。医療業界は、社会保険診療報酬の仕組みや、措置法26条などの特例、医療法人の制度など、特殊な論点が多い分野です。 「飲食店も建設業も美容院も全部やります」という税理士よりも、「医療機関専門」あるいは「クライアントの多くが医師」という税理士の方が、業界の慣習や特有の税務処理に精通しており、的確なアドバイスが期待できます。ホームページで「医師・歯科医師専門」を掲げているか、解決事例に医療機関の案件があるかを確認しましょう。
コミュニケーション能力とレスポンスの早さ
税理士とは長い付き合いになります。専門用語を使わずに分かりやすく説明してくれるか、こちらの質問に対して真摯に答えてくれるか、話しやすい雰囲気かどうかが重要です。 また、多忙な医師にとって、メールや電話のレスポンスが早いことは非常に重要です。質問してから数日返信がないようでは、ストレスが溜まるだけでなく、経営判断の遅れにもつながります。
節税提案の積極性
「言われたことだけを処理する事務代行」的な税理士もいれば、「積極的に節税案や経営改善案を提案してくれる」税理士もいます。 面談時に「私の状況でどのような節税が可能ですか？」と質問してみましょう。具体的な提案が出てくるか、あるいは「まずは状況を見てみないと」と慎重な姿勢ながらも前向きか、反応を見ることでその税理士のスタンスを測ることができます。
料金体系の明確さ
「顧問料◯万円〜」と曖昧な表記ではなく、どのような業務が含まれ、何が別料金になるのかが明確な料金表を提示してくれる事務所を選びましょう。 記帳代行は含まれるのか、年末調整は別か、訪問頻度はどれくらいか。契約後に「これは別料金です」と言われてトラブルにならないよう、事前に詳細を確認することが大切です。
まとめ
医師にとって確定申告は、避けては通れない義務であると同時に、自身の資産を守り、形成していくための重要なプロセスです。勤務医であっても収入条件や副業によっては申告が必要であり、開業医であれば経営の根幹に関わる業務となります。
自分で申告を行うことはコスト削減や知識習得の面でメリットがありますが、貴重な時間の消費や税務リスクといったデメリットも伴います。特に高額所得者である医師の場合、税理士を活用することで得られる「時間の創出」「リスク回避」「節税効果」といったメリットは、支払う報酬以上の価値をもたらすことが多いでしょう。
もし税理士への依頼を検討するのであれば、医療業界に特化し、良きパートナーとして伴走してくれる税理士を選ぶことが成功の鍵です。本記事が、先生方の適切な税務処理と、より充実した医師人生の一助となれば幸いです。
税理士をお探しの方は、宮嶋公認会計士・税理士事務所へお問合せください(初回無料相談)
この記事の作成者 宮嶋 直 公認会計士/税理士 京都大学理学部卒業後、大手会計事務所であるあずさ監査法人（KPMGジャパン）に入所。その後、外資系経営コンサルティング会社であるアクセンチュア、大手デジタルマーケティング会社であるオプトの経営企画管掌執行役員兼CFOを経験し、現在に至る。